入潜雨隐村篇

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根据传闻，培因是凭一人之力，打败曾以压倒性优势击败三忍的雨忍者村头目山椒鱼半藏。在培因房内还有五具“晓”成员的身躯（自来也过去遇过的对手），这些躯体醒来，准备对付进入了雨忍者村侦查的自来也。培因的本体就是长门，他的轮回眼拥有特殊的查克拉，并能将其灌注至黑棒之中，再把黑棒插在不同尸体之上以达至操纵尸体的目的。而培因六道刚好是过去自来也在游历各国时曾经遇过的人们。

自来也为了调查晓的根据地，而遭到了培因的围攻，对于培因未知的能力，束手无策的自来也遭到培因五人用武器穿透身躯，最后用剩馀的一口气将培因的秘密刻在深作背上（也有人说刻在深作背上的是自来也背上五根黑棒的位置。），结果遭到“修罗道”以“怪腕火矢”击入水中，从此长眠，收拾自来也后，培因替补一人来代替“畜生道”并遵从鸢的命令和小南一起侵入木叶，准备捕捉鸣人。

六尾篇

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长门杀死雾忍剑、在六尾人柱力泡沫和鸣人分手后袭击泡沫，成功收服了六尾，导致六尾篇最后以悲剧收尾。

两位救世主篇

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佩恩六道分成诱敌组（成员包括“修罗道”、“饿鬼道”及“畜生道”）及探索组（成员包括“天道”、“人间道”、“地狱道”及小南）两组，并成功越过木叶所设的结界，入侵木叶忍者村寻找漩涡鸣人并大肆破坏。

“天道”威胁伊鲁卡说出鸣人的下落，却被卡卡西制止，卡卡西与“天道”间的战斗一触即发，在“天道”神罗天征的力量，卡卡西感到相当无力，这时“修罗道”又突然加入战局，以为击败了卡卡西的“修罗道”却败于卡卡西和秋道父子的计策下，最后秋道父子和卡卡西亦被最强悍的“天道”完全击败。

木叶丸以螺旋丸击倒“地狱道”，“畜生道”与“人间道”袭击审问室，“人间道”用术知道了鸣人的下落并在山中父女前抽走静音的灵魂，“天道”使出超·神罗天征，一击将了木叶忍者村化作废墟，而当下鸣人也正式归来。

“修罗道”被“地狱道”召唤的阎罗王咀嚼而复活，并袭向第五代火影，但被归来的鸣人一拳击碎。鸣人与佩恩之战一触即发，由于鸣人掌握培因的相关情报，而且佩恩必须活捉鸣人不能杀死九尾，天道使出超·神罗天征后暂时失去能力，这些都使“修罗道”、“人间道”、“畜生道”、“地狱道”先后被鸣人以及五大蛤蟆以仙术搭配群体车轮战术巧妙的击败。但鸣人与恢复能力的“天道”交手后，却仍略逊一筹，而被万象天引吸住，再复活的“饿鬼道”趁机吸收鸣人的仙术查克拉，却因无法控制自然力量而变成石化蛙。三大青蛙蛤蟆健、蛤蟆文太、蛤蟆广同时对“天道”发动攻击，却遭神罗天征弹飞，而伤势惨重，这时准备对“天道”使出幻术的深作却被万象天引吸引，而被黑棒贯串死亡，并将鸣人的双手以黑棒贯串压倒在地，且向鸣人透露自己的理想，那就是利用尾兽兵器让世人感受痛苦，让世界迈向“和平”，此时佩恩六道的操纵者长门终于出现，长门的身体极为瘦削，坐在一座有六只脚的机器之上，背上插有大量极长的黑棒。

雏田为了保护鸣人，说出自己对鸣人的爱慕，而遭到佩恩的攻击，看著雏田受伤的鸣人愤然出现九尾，最激烈的大战在此时引爆，“天道”尝试使用神罗天征，但遭到反弹；然后使用万象天引，吸引巨大石块企图压制九尾，依然无效，长门使出禁术“地爆天星”试著压制住鸣人，地爆天星使大地崩裂集中在宛如月球般的核心，不费吹灰之力困住九尾，长门叹气，终于抓到了。但地爆天星使用时副作用极大，长门口吐鲜血，小南试著阻止，长门不听从，此时鸣人爆出八尾试图突破地爆天星，九尾怂恿鸣人解除封印，正当要解除时，第四代火影出现了。

第四代火影透露当年操纵九尾的就是鸢，并鼓励自己的儿子：“你一定能够找到答案”，地爆天星随著长门的衰败而瓦解，鸣人想到用仙人模式逆向追踪佩恩本体，并对“天道”扔出第一发螺旋手里剑，“天道”使出神罗天征抵挡下来，没想到竟然是影手里剑，在关键的五秒内鸣人再向“天道”扔出最后一发螺旋手里剑。“天道”巧妙的避开螺旋手里剑，鸣人奋力向“天道”进攻，“天道”也毫不逊色。最后鸣人准备使用螺旋丸，“天道”认为螺旋丸无法投掷，而松懈下来，哪知鸣人竟然利用影分身投掷鸣人本体，并大声呐喊“想要叫我放弃的话你放弃吧！”并用螺旋丸打中了并击败“天道”，画下了佩恩六道的休止符，并用控制的棒子找到六道佩恩的操纵者长门。

两人会面后，长门为了让鸣人了解自来也所说的和平理念都是戏言，而开始诉说自己人生的两个悲痛与对忍者界的痛恨，第一是双亲误被木叶忍者杀死。幸而遇上了弥彦、小南和自来也，并得其指导忍术；而他们亦从自来也那儿开始了追寻和平的梦想。后来他们创立了一个组织，以弥彦为首，带领著许多忍者，成为独当一面的势力。人生的第二个悲痛，就在此时发生－－弥彦的死亡。雨忍者村领袖山椒鱼半藏惧怕其组织的势力过于强大，假意与其联手，其实为了个人利益，捉住小南并命令长门杀了弥彦，弥彦为救小南而自杀，没有了弥彦组织也随之崩溃，其他的伙伴也被清算，导致长门认为自己以前的梦想就像垃圾一样。

鸣人终于理解到长门的深刻苦痛，无意杀死长门，反而拿出自来也的坚毅忍传（ド根性忍伝），并诉说自己对追寻和平永不言弃的理想。长门终于明白眼前的人是个能托付大事的人，便用自身硕果仅存的查克拉施展－“外道·轮回天生之术”，让木叶忍村这次战斗死去的人全数灵魂归回复活，但却也因查克拉耗尽而死。临终前，让鸣人获胜与回归木叶，他自言自己的“任务”已经完成，这一切应是真正的神的杰作。事情告一段落，小南脱离了晓，带著长门及弥彦的遗体回到雨忍者村，而他们三人及自来也的希望也全都寄托予鸣人身上。

从最后小南的说明中，可以得知天道的确是由弥彦的尸骸所制成；而轮回眼的拥有者可以使用佩恩六道的所有招数；长门是第七位佩恩外道，他的瞳力能够操控有关生与死的术，超越了这个世界的生死法则。在漫画489话里长门被药师兜以秽土转生之术召唤出来。漫画第508话中，宇智波带土为了取得轮回眼夺取长门的遗体，来到雨忍者村和小南对峙。

大战前夕篇

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漫画第510话中，带土取走了长门的轮回眼并转身离去，并称长门是漩涡一族的后裔。

漫画第511话当中，亦透漏了长门、弥彦、小南与自来也之间的回忆。当年三人接受了自来也的指导，并且在某栋小屋生活了一段时期，当时四人用门牌卡作为暗号，红色面朝外表示人在屋子里，白色面表示本人出去不在。后来弥彦成立了“晓”，由于人数规模变多，为了要寻觅更大的地点作为“晓”的根据地，三人只得告别和自来也生活时期的小屋，并且约定梦想实现的那天，要回到那间小屋与自来也一同庆祝理想的成功。但此时出现刺客袭击三人的所在处，长门、弥彦、小南藉著自来也在小屋设置的秘密通道躲过一劫，除了小南、自来也离开小屋以前翻转了门牌卡以外，长门、弥彦日后都再也无法亲自回到小屋翻转门牌卡。

小南被带土杀害之后，染上小南身上鲜血的纸片，随风飘扬到当年四人一起生活的小屋，不偏不倚的落在门牌卡上。至于自来也的门牌卡，则被生长在荒芜小屋里的爬藤植物压得翻转过来。使得四人的门牌卡，皆以红色面朝外的模样，挂在荒废的小屋墙上，象征师徒四人回到了“家”再度重逢。

四次忍战时期篇

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被秽土转生术召唤出来的长门和宇智波鼬，在第四次忍战对上八尾人柱力杀人蜂和漩涡鸣人。在赶住战场中用轮回眼六道的能力逆向感知出药师兜的位置并告诉给鼬。鼬透过寄托在鸣人身上的乌鸦使出幻术别天神脱离秽土转生的控制，转而帮助鸣人和杀人蜂，随后长门则被兜完全控制，借由吸收杀人蜂的八尾查克拉恢复至最佳状态，并分别使用人间道、修罗道、畜生道和地狱道的招式，使鸣人和杀人蜂同时面临被长门捕获的危机，所幸鼬及时使用须佐能乎使他们侥幸得救，之后长门发动地爆天星，被三人联手合力破解，由此长门短暂恢复意志，并在交代完遗言之后自愿被鼬的十拳剑封印。